Damit der Touch Screen "richtig" ausgerichtet ist sind folgende Einstellungen (zumindest unter Raspbian Stretch Lite 2018-11-13) nötig.
# vi /boot/config.txt

hdmi_force_hotplug=1
hdmi_group=2
hdmi_mode=87
hdmi_cvt 810 540 60 6 0 0 0
dtparam=spi=on
dtoverlay=ads7846,penirq=25

# sudo reboot

Damit man die im folgenden beötigten Werte ermitteln kann muss noch etwas nachinstalliert werden:

# sudo apt-get install xinput-calibrator

Falls vorhanden, einfach löschen .. 

# rm /usr/share/X11/xorg.conf.d/99-calibration.conf 

Anschließend noch ddie Kalibrierung starten:

# sudo DISPLAY=:0.0 xinput_calibrator

Die Ausgabe zwischen Section "InputClass" und EndSection in die Datei /usr/share/X11/xorg.conf.d/99-calibration.conf einfügen (meine als Beispiel).

# vi /usr/share/X11/xorg.conf.d/99-calibration.conf 

Section "InputClass"
Identifier "calibration"
MatchProduct "ADS7846 Touchscreen"
Option "MinX" "21270"
Option "MaxX" "21108"
Option "MinY" "47907"
Option "MaxY" "47665"
Option "SwapXY" "1" # unless it was already set to 1
Option "InvertX" "0"  # unless it was already set
Option "InvertY" "0"  # unless it was already set
Option "TransformationMatrix" "0 1.128 -0.08 -1.13 0 1.07 0 0 1"
EndSection

# sudo reboot

 

Wichtig:
Damit die Aurichtung des Touch Screens stimmt muss der Eintrag noch um diese Option erganänzt werden, sie auch mein Beispiel:

Option "TransformationMatrix" "0 1.128 -0.08 -1.13 0 1.07 0 0 1"

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